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对具有降解能力的土著微生物特性的研究，始终是环境生物修复领域的研究重点。常见的降解有机污染物的微生物有细菌(假单胞菌、芽胞杆菌、黄杆菌、产碱菌、不动杆菌、红球菌和棒状杆菌等)、真菌(曲霉菌、青霉菌、根霉菌、木霉菌、白腐真菌和毛霉菌等)和放线菌(诺卡氏菌、链霉菌等)，其中以假单胞菌属为活跃，对多种有机污染物，如农药及芳烃化合物等具有分解作用。有些情况下，受污染环境中溶解氧或其他电子受体不足的限制，土著微生物自然净化速度缓慢，需要采用各种方法来强化，包括提供O2或其他电子受体NO3-，添加氮、磷营养盐，接种经驯化培养的微生物等，以便能够提高生物修复的效率和速率。